まず原則として、その場所が登山道上なのかそうでないのか、緊急時なのか予め予定していたのかによっても異なると思います。
山の中での排泄に関してはそれぞれの考え方があると思いますが、個人的に森林限界以下での排泄に関してはあまり問題がないと考えています。オーバーユースな状況であればともかく、大動物一個体の排泄物は土壌が分解してくれます。

しかしこれは自然保護の観点の話であり、登山道上となればモラルとして如何なものかと思います。
まず緊急時を除き、原則として登山道上でのビバークを予め行うつもりでの計画は推奨できるものではありません。
幕営指定地での宿泊を前提に、緊急時以外の幕営は控えましょう。
またトイレに関しても、そこが如何に山の中とは言え、多くの人が通る ” 道 ” であることを忘れてはいけません。
可能な限りお手洗いがある場所で済まし、極力登山道付近での排泄は控えましょう。
またどうしても我慢できない場合には、なるべく人目のつかないところへ、十分な距離をとった上で行いましょう。

森林限界を超える岩稜など、土壌による分解が期待できない場所や、登山道から大きく距離をとることができないような場所に関しては、携帯トイレも視野に入れるべきでしょう。
登山道では無い場所を歩く登山では、あまり人が踏み入れることもありませんのでそこまで気にする必要はないかと思いますが、水源から十分に距離を取る、ルート上から十分に距離を取るなど最低限のモラルは守りましょう。

尚、これは大原則として、どの様な場所においても必ずトイレットペーパーは持ち帰りましょう！
トイレットペーパーは石油原料であり、土壌に分解されることはありません。
排泄物に関しては数週間程度で完全に無くなりますが、トイレットペーパーは100年経った先にもその地に成分が残ります。
これに関しては嫌悪感を感じようとも、必ず持ち帰るべきです。
ジップロックに入れた上で活性炭繊維を織り込んだ巾着袋に入れるなどして、衛生管理、臭いの防止などに努めましょう。

残念な事に、日本の山の中にはかなり多くのトイレットペーパーが残置されたままになっています。
自然保護の観点からも、人としてのモラルとしても、是非もって帰りましょう。
ご参考にして頂ければ幸いです。